Plateforme de génomique

GO@L
Biologie et santé Plateforme Santé de précision

Notre plateforme GO@L propose une large gamme de solutions et d'expertises dans le domaine de la génomique à moyen/haut débit. Elle comprend 2 plateaux spécialisés : le plateau "Génomique Fonctionnelle et Structurale" qui développe son expertise notamment au service de la recherche translationnelle sur les cancers, et le plateau "Transcriptomics & Applied Genomics" (TAG), spécialisé dans les applications de microbiologie. Avec une approche globale ou ciblée, nous assurons le suivi et la réalisation des projets de recherche de la qualification des échantillons, de la préparation des librairies et de leurs séquençage, jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique de ces données. Nous sommes ouverts à toutes collaborations académiques et industrielles et proposons des offres de formations et de services en lien avec nos expertises.

Informations

Responsable scientifique : David Hot
Responsable technique : Martin Figeac

https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique

Bâtiment C9, Avenue Mendeleiev
Campus Cité scientifique, Université de Lille
59000 VILLENEUVE D'ASCQ

Mots-clés

Génomique, Transcriptomique, Séquençage haut-débit, Bioinformatique, RNA-seq, Mutations, Cancers, Métagénomique, Single-cell, Gènes

Localisation

  • Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays, single-cell
  • Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell
  • Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS
  • Séquençage et re-séquençage de génomes entiers (Humains, bactéries, virus)
  • Re-séquençage d’exomes (Humain) de diverses qualités (FFPE, PBMC, …)
  • Séquençage ciblé (Amplicon, capture)
  • Métagénomique ciblée 16S 
  • RNA-seq (DGE : Differential Gene Expression) et scRNA-seq
  • DGE microarrays et DGE Nanostring

Exemples de projets :

  • Perturbations métaboliques induites par le tabagisme, rôle du microbiote
  • Etude des caractéristiques cliniques et moléculaires associées aux mutations des sites d’épissage de l’exon 14 de Met dans le cancer pulmonaire
  • Recherche de profils transcriptomiques (mRNA, miRNA, lncRNA…) différentiels liés à l’environnement socio-économique chez les femmes présentant un cancer de l’ovaire séreux de haut grade
  • Utilisation de la Flagelline comme adjuvent dans le traitement antibiotique des pneumopathies bactériennes
  • Expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit
  • Technologie de séquençage en adéquation avec le projet, sa complexité et en fonction du type d’échantillons
  • Suivi et réalisation des projets de recherche de la qualification des échantillons, de la préparation des librairies et de leurs séquençage, jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique de ces données

De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :

  • Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne
  • Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée
  • Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose

Nous possédons différents équipements :

  • Séquenceurs pour le WGS et le RNA-seq en reads courts et reads longs
  • Microarrays pour le DGE (Differential Gene Expression) 
  • Equipements pour le scRNA-seq et scDNA-seq
  • Serveurs/Cluster informatiques pour les analyses et le développement d’outils bioinformatiques

Privés
OCR, Gènes Diffusion

Académiques
Institut Pasteur de Lille, CNRS, CHU de Lille, CHU de Rouen, ANSES, BIOTICLA, IAB

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