Spectrométrie de masse pour les Omics

• Protéomique 
• Protéomique spatiale
• Microprotéomique
• Omics
• Spectrométrie de masse
• Imagerie moléculaire par spectrométrie de masse
• Spectrométrie de masse in vivo
• Analyse de protéines
• Interactions protéines-protéines

Exemples de projets :

• Etude des processus d’inflammation liés à l’acné et à la dermatite atopique - des analyses protéomique de toit de bulles de sussions ont été réalisées sur une cohorte de 16 patients (8 souffrants de la dermatite atopique).
• Recherche de marqueurs diagnostics et pronostics du cancer du pancréas dans des modèles murins - une cartographie des lésions néoplasiques en spectrométrie de masse (MALDI-MSI) combinée à de la microprotéomique afin d’identifier de nouveaux marqueurs de progression.
• Analyse protéomique et transcriptomique comparative de l'hypertrophie des muscles squelettiques induite par la follistatine
• Analyse du microbiote local dans le cancer du sein - analyse en microprotéomique localisée sur 12 patients
• Etude protéomique de l’effet du nombre de passage cellulaire et des conditions de stimulation chez les fibroblastes primaires humains

• Préparation d’échantillons biologiques et cliniques (extraction, fractionnement…)
• Séparation (en gel 1D, 2D, Gel Free, 2D-DIGE, différentes chromatographies)
• Identification et la quantification relative de protéines (masse exacte, couplage HR-MS) par différentes approches non ciblées (DIA, DDA) avec (iTRAQ, SILAC, AQUA) ou sans marquage par stratégies Bottom-Up, Middle-Up/Middle-Down et Top-Down
• Quantification absolue de protéines par approches ciblées (SRM, MRM, PRM)
• Analyse de protéines intactes
• Séquençage de novo de protéines par déploiement de différentes méthodes d’activation des ions (ETC, ECD, IRMPD)
• Analyse de modifications post-traductionnelles (phosphorylation, glycosylation...) et l’accès à la mobilité ionique
• Enrichissement en phospho ou glycopeptides / protéines 
• Identification de protéines par digestion enzymatique à partir d’échantillons variés (poudre, liquide, os, tissue, plasma, gel...)
• Analyse d’échantillons d’héritage culturel, d’archéologie ou paléontologie
• Analyse de lipides comme les triacylglycéroles ou de métabolomique
• Imagerie par spectrométrie de masse (métabolites, lipides, peptides, protéines) à partir de tissus congelés ou FFPE
• Protéomique spatiale (SpatiaXomics) par micro-extraction (technologie LMJ LESA)
• Traitement et interprétation des données (réseaux de protéines, GO terms)

La plateforme MS4Omics dispose d’un ensemble d’outils de dernière génération : 

• pour la préparation d'échantillons (système de micronébulisation, système de microdépôt piézoélectrique, système de microextraction, système de sublimation manuel, système de démasquage des antigènes…), 
• pour l'analyse protéomique et par spectrométrie de masse (système d’imagerie MALDI-TOF à haut débit, système MALDI à haute résolution spectrale, système ESI Q-Orbitrap Q-Exactive…)
• pour analyse de données (Data server, Proteome Destroyer, station de calcul avec GPU Nvidia Tesla K20c, FlexImaging 4, SCiLS Lab, logiciels de traitement de données…).

Privés
Mäder, Lesaffre, Roquette, Bifinove, Laboratoire Nicolas Garnier, Imabiotech, LCH, Macopharma, OCR, Pierre Fabre, Servier, L’Oréal, GENFIT

Académiques
Université Lyon, Univ. Nice, Institut de Médecine Régénérative et Biothérapies, Montpellier, Université de Rouen, Université du Littoral, Université de Lorraine, Université de Bretagne Sud, Centre de recherche et de restauration des musées de France
Université de Montréal (Canada), Academy of Sciences Bratislava (Slovaquie), Università del Salento, Lecce (Italie), Université de Mons (Belgique), University of Florida (Etats-Unis), University of Ioannina (Grèce), Luxembourg Institute of Health (Luxembourg), University of Twente (Pays-Bas), Gent University (Belgique)