Plateforme Lilloise de séquençage du génome de nouvelle génération

LIGAN PM
Biologie et santé Plateforme Santé de précision

Notre plateforme LIGAN-PM est dédiée au séquençage du génome humain et regroupe un ensemble de technologies dans le domaine du NGS (Next Generation Sequencing), capable de répondre à des projets (moyen/haut débit/très haut débit) de génotypage, de séquençage, de transcriptomique et d’analyses bio-informatiques et statistiques. Notre plateforme est dédiée à la médecine de précision. En particulier, nous utilisons des outils NGS et de génotypage pour identifier les facteurs génétiques de prédisposition au diabète et à l'obésité, afin de mieux comprendre les mécanismes d’apparition et de complications de ces pathologies, et trouver un traitement adéquat selon le patrimoine génétique de chaque patient. Ouvert aussi bien au monde industriel qu'au monde académique, nous proposons des offres de services en lien avec nos expertises. Notre laboratoire est certifié ISO15189 pour le diagnostic des diabètes et des maladies associées (obésité, maladies rénales, maladies cardiovasculaires...).

Informations

Responsable technique : Emmanuelle Durand
Responsable scientifique : Amélie Bonnefond

http://ligan.good.cnrs.fr/

1 place de Verdun
EGID, Faculté de Médecine, Campus Santé, Université de Lille
59045 LILLE

Mots-clés

ISO15189, Séquençage de nouvelle génération, Médecine personnalisée, Séquençage d'exome entier, Séquençage de génome entier, Séquençage haut débit, Séquençage ciblé, Analyse de transcriptome, Biostatistique, Bioinformatique

Localisation

  • Laboratoire de Biologie Médical ISO15189
  • NGS (Next Generation Sequencing)
  • Bioinformatique
  • Extractions d'ADN et d'ARN
  • Interactions ADN/protéine
  • Génotypage
  • Bioinformatique
  • Biostatistique

Exemples de projets :

  • Technologie CoDE-Seq (pour Copy number variation Detection and Exome sequencing) séquençage en une seule étape des mutations ponctuelles de l’ADN de tous les gènes humains, et détection très précise des anomalies chromosomiques de grande et de petite taille
  • Déclaration d’invention VisuVAR (plateforme d’analyse et de visualisation des anomalies génétiques identifiées par la technologie CoDE-Seq chez les patients atteints d’une maladie rare)

Extractions

  • Extractions d'ADN à partir de sang total, prélèvement salivaire, coupes de tissus
  • Extractions d'ARN


Génotypage/ Expression

  • Génotypage de SNP 
  • Expression par sondes Taqman 
  • Génotypage haut débit
  • Expression via NCounter Nanostring
  • PCR digitale

Séquençage d'ADN sur séquenceur à capillaires et séquençage NGS

  • Préparation de librairies
  • Librairies Ready to Load
  • Séquençage d'Exome (WES) / séquençage de Génome (WGS)
  • Analyse de la chromatine en 3D (HiC)
  • Séquençage d'ARN (total RNA-seq, miRNA-seq, mRNA-seq)
  • Re-séquençage & séquençage ciblé
  • Séquençage de novo
  • Séquençage mitochondrial
  • Epigénétique (MethylSeq / puce de méthylation)
  • Analyse des interactions ADN/protéine (ChIPseq)

Analyses Bioinformatiques et Biostatistiques

  • Etude d'association pangénomique transversale et longitudinale
  • Détection événements chromosomiques (mosaicisme / CNV)
  • Priorisation des gènes / voies de signalisation
  • Pipelines & Package

Notre plateforme est équipé des technologies les plus performantes et innovantes dédiées au séquençage, NGS, génotypage, ddPCR, QPCR, protéomique et études d’expression : 

  • plateformes de séquençage de nouvelle génération (NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq, CBot – Illumina)
  • appareil à ultrasons ciblées (E220 – Covaris)
  • automates de pipetage (STARlet (Hamilton), Bravo Automated Liquid Handling Platform (Agilent) et Sciclone® G3 NGSx iQ™ (Perkin Elmer))
  • plateforme automatisé pour la purification d’ADN et d’ARN (Chemagic Prime - Perkin Elmer)
  • plateforme de quantification et l’analyse de la taille d’ADN et d’ARN
  • bioanalyseur pour les contrôles qualité d’échantillon (Agilent 2100)
  • scanner pour des analyses génétiques (iScan – Illumina)
  • système de PCR en temps réel (Viia7 Real Time PCR System – Life Technologies)

Découvrez la liste détaillée des équipements.

Privés
Genoscreen, Genes Diffusion, CIRCAGEN (UK), IMMATICS (D)

Académiques
AP-HP, CHU (Reims, Nantes, Poitiers, Amiens, Guadeloupe), INRA (Rennes), IFREMER, CNRS (U5554, U8727, U7144, UMR 7232, UMR 8198, UMR5244,…), INSERM (U894, U1018, U933, U1019, ...), Universités (Sorbonne, Montpellier, Aix Marseille, Amiens)
Well Cornell (Qatar), Imperial College London (Royaume-Uni), UC Louvain (Belgique)

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