Plateforme de bioinformatique de Lille

Bilille
Biologie et santé Plateforme

Bilille est la plateforme de bioinformatique de Lille. Nous accompagnons les unités de recherche et les plateformes en biologie et santé dans leurs activités en apportant un support de nature bioinformatique ou biostatistique. Le périmètre scientifique de bilille couvre notamment : l’analyse de données omiques, l’annotation de séquences, la phylogénie, la biologie des systèmes, la bioinformatique structurale, la biologie intégrative, l’analyse de données de criblage à haut contenu et l’analyse de données d’imagerie. Notre expertise transverse et diversifiée dans l'analyse de données issues des domaines de recherche en biologie, environnement et santé nous permet d’offrir une palette complète de services de proximité, du conseil à l’accompagnement dans vos projets, que vous soyez débutant ou expérimenté. Nous sommes ouverts à toutes collaborations, académiques ou industrielles.

Informations

Responsable scientifique : Guillemette Marot
Responsable technique : Pierre Pericard
Responsable technique : Jimmy Vandel

https://wikis.univ-lille.fr/bilille/

Bâtiment ESPRIT, Avenue Paul Langevin
Campus Cité scientifique, Université de Lille
59650 VILLENEUVE D'ASCQ

Mots-clés

bioinformatique, apprentissage statistique, apprentissage automatique, pipeline d’analyse, base de données, données -omiques, annotation de séquences, analyse de données biologiques, biologie intégrative

Localisation

  • Analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métagénomique, épigénomique, ...)
  • Analyse de données d'imagerie
  • Développement de pipelines d’analyse et de bases de données
  • Biologie intégrative
  • Annotation de gènes, de génomes et de protéines
  • Phylogénie
  • Biologie des systèmes
  • Bioinformatique structurale
  • Analyse de données de criblage à haut contenu
  • Développement d'outils bioinformatiques et biostatistiques

Exemples de travaux :

  • mirKwood : pipeline complet d'identification et d'annotation des microARN dans les génomes de plantes à partir de données de séquençage small-RNA-seq
  • Viscorvar : package R pour la visualisation des résultats d’intégration de données multi-blocs
  • Norine : plateforme logicielle pour l'analyse de peptides non ribosomiques
  • Assemblage et annotations de données de métatranscriptomique du rouissage du lin au champs
  • Intégration de données (transcriptomique, métabolomique, métagénomique, cytométrie, clinique) par des approches statistiques dans l'étude du rôle de cytokines dans les altérations métaboliques, intestinales et pulmonaires
  • Analyse de données biologiques (données de séquençage, modélisation de l’évolution, protéomique, annotation de gènes, de protéines et de génomes, criblage de données, cytométrie, bioinformatique structurale, glycobiologie)
  • Développement d'outils logiciels, pipelines ou bases de données
  • Mise à disposition de ressources logicielles
  • Mise à disposition de moyens de calcul à haute performance
  • Montage de projets collaboratifs nécessitant une expertise en bioinformatique et/ou biostatistique

Nous disposons d'un Cloud : 360 coeurs CPUs, 3 To RAM, 140 To stockage, dont environ ⅓ intégré à la fédération nationale Biosphère. Mise à disposition de la communauté pour des projets d’analyse de données. 

Découvrez la liste détaillée des équipements.

Copalis, ANSES, Institut Français de Bioinformatique, Institut National du Cancer (INCa), Laboratoire MAP UMR5240, Plateforme "Exploration du Métabolisme" INRAE Clermont-Ferrand

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